Misi dari CSIRT Sektor Transportasi, yaitu : 

a. Membangun pusat pencatatan, pelaporan, dan penanggulangan insiden keamanan informasi di lingkungan Kementerian Perhubungan dan penyelenggara transportasi; dan

b. Membangun kapasitas Sumber Daya Keamanan Siber pada Kementerian Perhubungan